在《石纪元》第三季中，地球上的人类与智慧生命体「石族」继续团结合作，共同对抗外星入侵的威∵。主人公小明成为了抵抗组织的一员，带领着队友展开一系列的战斗和冒险。同时，石族也不断通过技术突破为人类提供更强大的装备与力量。然而，内部潜伏者意图暴露并危及整个争取自由的运动。小明必须敌过重重攸关他人性命和全地球存亡的考验，并向着消灭外星势力迈出坚定而艰难的一步。