第二季的《间谍过家家》故事承接第一季，以两个普通孩子变身小间谍的冒险为主∴∴。在新的一季中，他们收到了来自神秘组织的任务，需要调查一个名叫“暗影”的邪恶科学家。经过一系列刺激的捉迷藏和追踪行动，在各种惊险情节中拯救人质，并揭开黑暗势力背后的真相。通过团结、勇气与智慧，他们成长为无畏而聪明的间谍，并以此结束这一令人兴奋且紧张刺激的第二季。