第三季开始，巨人的威胁再次升∷∷。阿尔敏、艾伦和依诺维奇加入特种任务军团，组成新的策略小队，并发现了能够控制巨人力量的秘密方法。在对抗广播传达机关领导者“猫”时，他们遭到背叛，自由之岛也陷入差点被摧毁的危机。然而，在航海之都巴马雷斯相助下，他们成功击败了敌人。几经辗转，他们进入玛雷境内探寻真相，并首次面对亚历山大家族及其底层中士酋长赛吉·卡普坦的威胁。最终揭示出政治阴谋与暴露内部间谍身份等惊天秘密，并且意识到只有消灭混血野兽之壳才能挽救人类命运。