皇家空军特殊任务组继续追踪外星敌人后发现，敌方拥有时光机∴∴。为了阻止敌人入侵过去改变历史，超时空要塞Pilots穿越时隙，返回二战期间。他们与当地抵抗组织合作对抗纳粹，并争取时间修复历史。经过激烈战斗后，他们成功摧毁敌人的时间机器，但舰队遭到围攻并危在旦夕。最后一刻，主角使用自己的爆炸物拯救同伴和飞船。胜利之际才注意到原本骚乱的日期已恢复正常。