在《元气少女缘结神 新婚篇》中，主人公日向瑠衣与她的守护神天之御者六花开始了甜蜜的新婚生□。他们选择了一个美丽而宁静的小村庄作为新家，在那里过上了平凡而幸福的日子。然而，一次偶然的事故让瑠衣重回童年时期，失去了记忆。六花为了重新夺回瑠衣，展开了一段冒险旅程。通过与友人和众位神明合作，克服各种困难和敌人，最终成功唤醒瑠衣的记忆，并带着她回到原本温馨甜蜜的新婚生活中。